A scRNA-seq dataset of developing mouse embryos generated with Smart-Seq2
esc_mat
matrix with 22431 genes as rows and 268 cells as columns containing raw read counts.
esc_mat#> zy_1 #> Hvcn1 3204 #> Gbp7 1101 #> Arrdc1 3574 #> Ercc5 1391 #> Mrpl15 0 #> Dclk1 1 #> Tssc4 66 #> Gm101 0 #> Pum2 18810 #> Erv3 1 #> Gm10922 0 #> Gm14347 0 #> Dpys 6 #> Gabra4 0 #> Serpina3g 7 #> Gabra1 0 #> Mapk9 2403 #> St7 1617 #> Gga1 387 #> AW549877 91 #> Stac2 0 #> 2610203C22Rik 11 #> Rab3d 13134 #> Tas1r2 69 #> Tekt4 345 #> Slc39a5 0 #> Phf7 33 #> 6030422M02Rik 0 #> Snhg6 0 #> Snord87 0 #> Nek2 2028 #> Sult1b1 0 #> Nfatc3 593 #> Dlc1 94 #> Arfgef1 9162 #> 2700078E11Rik 948 #> 4930528F23Rik 0 #> 4930544O15Rik 0 #> Cygb 0 #> Ythdf2 4003 #> Coro7 2 #> Tmem51 89 #> Tapbpl 6 #> Ankrd7 0 #> 4930555I21Rik 113 #> Ube4a 990 #> Tmem180 112 #> Zcchc4 46 #> Rasd2 320 #> Vsig1 0 #> Clip4 368 #> Usp54 4949 #> Spata2L 0 #> Hhipl2 0 #> Rictor 7957 #> Mios 177 #> Gm5523 4 #> Plin1 0 #> Jakmip2 42 #> Pus10 5 #> Tnrc6a 3024 #> Npr1 0 #> Serpine2 3907 #> Gamt 0 #> Serpina3m 0 #> Gabrg1 0 #> Ahsg 0 #> Ahr 441 #> Gla 2 #> Adrb3 8 #> Adra1a 0 #> Adra1d 0 #> Cfd 0 #> Add2 907 #> Herpud1 0 #> Defb44-ps 0 #> Defb18 0 #> Defb41 0 #> Gm15386 0 #> Trp53 2441 #> Trip6 0 #> Rpl4 5618 #> Slc4a10 148 #> Oxt 0 #> Col10a1 42 #> Tysnd1 1 #> Cd276 0 #> Kazn 785 #> Gm4956 0 #> Mlh3 78 #> Gtf2e2 988 #> Atxn3 1422 #> Mbtps1 849 #> Frem3 0 #> Cd101 0 #> Nrg2 0 #> Psen1 1879 #> Des 0 #> Kcnip2 0 #> Chd6 7371 #> 4933415F23Rik 0 #> 2610528A11Rik 0 #> Mir30c-2 0 #> Slc16a5 0 #> Defa26 0 #> Mrpl45 2372 #> Smap1 1346 #> Fbxo18 2632 #> Fbxo8 5389 #> Pnpla6 674 #> Dkkl1 0 #> Prdm16 2519 #> Zmym3 858 #> Ccm2 12 #> Ccr6 0 #> Ube2r2 2075 #> Rspry1 2088 #> Csprs 0 #> Rnf41 1410 #> 4931408C20Rik 1794 #> LOC100302688 0 #> Gm13363 0 #> 4931428L18Rik 0 #> Mapk14 782 #> Gm4850 0 #> Khdrbs2 0 #> Gm9839 0 #> Btnl3 108 #> 1700001G17Rik 0 #> Synj2 498 #> Tspyl4 3829 #> 4930562C15Rik 0 #> Dopey2 2593 #> Rbm42 3317 #> Manba 3113 #> Prpf6 8745 #> Dnajb4 10592 #> Cxxc5 5 #> Mosc2 3956 #> Tmem19 598 #> 2810432D09Rik 870 #> Ptcd3 1494 #> Osgep 4 #> Apitd1 3276 #> Tor1b 0 #> Sult1a1 0 #> Zfp119b 2 #> Spred2 35 #> Laptm4b 17555 #> Gm3448 0 #> Zbtb40 199 #> AA619741 19915 #> Hist1h1d 7 #> Mtnr1b 0 #> Tox 692 #> Nup43 862 #> Tinf2 3563 #> Usp44 0 #> Serpinb9f 0 #> Marveld1 0 #> Reep3 147 #> Gsdmc3 57 #> Scrt1 0 #> Rtn4ip1 621 #> Grip1 1147 #> Arid5a 0 #> Scn1a 73 #> Lce1d 0 #> Rpl36 56 #> Cd244 0 #> Cnnm4 1049 #> Rbbp4 4313 #> Gcnt2 665 #> Zfp704 719 #> Cep63 212 #> Oc90 0 #> Adam7 0 #> Il4i1 0 #> Irak2 0 #> Lcor 854 #> Mpst 67 #> Crisp2 0 #> Kif9 0 #> Mtpn 5248 #> Gdf3 0 #> Gcdh 369 #> Tgm1 8 #> 4933402J07Rik 3 #> Mgat4a 951 #> Dnaja2 10134 #> 4930594C11Rik 2 #> 2010300C02Rik 85 #> Lnpep 1175 #> Dact2 0 #> Ccdc14 7206 #> Lmln 249 #> Atp8b5 0 #> Agbl2 2422 #> Spin4 0 #> Lonrf2 113 #> Ap1m2 3251 #> Ap1g1 3879 #> Lgals8 5 #> Camkk1 0 #> Mid1ip1 5 #> Nmb 18 #> Chid1 6 #> Ddx19b 1933 #> D1Bwg0212e 3537 #> Snord89 0 #> Mef2b 29 #> Rfx8 0 #> Gm13718 0 #> Tnik 361 #> Eif2ak3 0 #> Sar1a 1215 #> Sap18 647 #> Eif1a 0 #> Ehd1 51 #> Egr2 0 #> Cops6 312 #> Tekt2 0 #> Cyp4f13 1 #> Pabpc4 2364 #> Mfsd9 100 #> A1bg 630 #> 2610017I09Rik 0 #> 2900092D14Rik 0 #> Abcc9 0 #> AI597479 1027 #> Cox7a2l 625 #> Fbxo6 0 #> Jazf1 3556 #> Tcn2 0 #> Neu2 0 #> Slit1 1 #> Slc20a1 4833 #> Il5 0 #> Zfp46 2942 #> Il3 54 #> Ccs 24 #> Gm4894 0 #> Syt7 1486 #> Nlrp2 5281 #> Clec12a 2 #> 4930503L19Rik 254 #> Sh3rf2 65 #> Dnajc5g 0 #> Sap130 8748 #> Wdr75 1090 #> Dcdc2c 1 #> Gm4776 0 #> Dnahc7b 1247 #> Sema6a 1191 #> Bet1l 496 #> Rp9 497 #> Wdr20a 9627 #> Trip13 377 #> Exosc8 1478 #> Ctps2 219 #> Mre11a 719 #> Gbp3 25 #> Gm711 0 #> 4430402I18Rik 0 #> Galntl6 0 #> Casp8 5751 #> Rtkn2 577 #> Capn3 54 #> Arhgap1 1492 #> Serpina3n 4 #> Polh 0 #> Dtx3 113 #> Pitpnc1 0 #> Veph1 163 #> 1700019A02Rik 0 #> Prelid1 1363 #> Mrpl51 90 #> 1700029H14Rik 0 #> Rpl36al 418 #> Dda1 3265 #> Zfp346 144 #> Xrn2 5920 #> 1700029F12Rik 0 #> 2310061N02Rik 0 #> Ccdc150 383 #> Gtf3c3 1348 #> Slc2a9 234 #> Kng1 2 #> Smarca2 8695 #> Mtdh 3503 #> Cisd2 1637 #> Rnaseh2b 72 #> Smarcd3 0 #> Mobkl3 5020 #> Chrm4 3 #> Bcl2l13 4068 #> Ammecr1l 11755 #> Kcng3 0 #> Il1f9 3 #> AF529169 0 #> Pilra 2 #> 9130024F11Rik 15 #> Tesc 7787 #> 1110034B05Rik 274 #> Whsc1 3884 #> Adam3 0 #> 1810041L15Rik 14 #> Nop16 0 #> Vtcn1 0 #> Fam107a 208 #> Zfp300 0 #> Imp4 2942 #> Nrg1 0 #> Ikbkg 38 #> Zfp811 0 #> Egfl7 0 #> Fez1 0 #> Aox3l1 0 #> Trim40 1048 #> Flrt3 3053 #> Dtnb 1840 #> Nucks1 1845 #> Rbfox2 10242 #> Dkk3 607 #> Rgs6 0 #> Col27a1 93 #> Vmn2r57 0 #> Fam110b 3660 #> Fam124b 0 #> Zbtb37 1276 #> Fem1c 35 #> Ccdc50 5546 #> Azin1 4304 #> D19Ertd737e 1663 #> Mecr 510 #> Ciao1 776 #> Ctsq 0 #> Ip6k2 4364 #> Btd 410 #> Gm16515 16140 #> Stau2 1858 #> Synj2bp 426 #> Ppp1r11 2083 #> Mrpl17 635 #> Fahd2a 126 #> Sra1 389 #> Rsph1 13 #> Tbrg1 3265 #> Spop 3201 #> Slc31a2 151 #> Stmn2 0 #> Tmsb10 254 #> Mef2c 3 #> Lyar 4211 #> Kin 570 #> Gng12 12319 #> Gng10 0 #> Snord70 0 #> Snord11 0 #> Rbm8a 1093 #> Acp5 186 #> App 116 #> Ptpra 2290 #> Hspa1a 22 #> Hsp90aa1 40435 #> Kcne1l 0 #> Bcmo1 191 #> Sec14l1 499 #> Tulp1 0 #> Tbc1d14 12673 #> Ceacam2 0 #> Ccdc88a 1108 #> Rorb 1 #> Mov10 2 #> Hspa5 3128 #> Kcng2 153 #> Clk2 4304 #> Sirt6 1424 #> Myeov2 2012 #> Fam172a 137 #> Ces2a 11 #> Igll1 2 #> Chchd7 4 #> Ppp2r3d 0 #> Elavl4 0 #> Evl 1183 #> Espn 65 #> Golga7 1829 #> Snora41 4 #> Ngb 0 #> Rbp4 0 #> Rbp1 0 #> Rbl1 1655 #> Zfp296 624 #> Rbbp6 562 #> Ralb 0 #> Ctsm 57 #> Tcta 6 #> Oxsr1 142 #> Gm13749 0 #> Pip4k2a 81 #> Pip5k1c 2901 #> Serpini1 441 #> Ccnyl1 1438 #> Pla2g6 2144 #> Lmod3 0 #> Ptchd1 0 #> Atp6v1c1 2089 #> Susd3 2595 #> 1700010M22Rik 0 #> Tmem208 0 #> Smurf2 20820 #> 2810021B07Rik 0 #> Fam82b 0 #> Haus2 0 #> 4930402F06Rik 0 #> Sdr16c6 0 #> Dgcr2 2291 #> Tomm40 227 #> Glb1l2 0 #> Traf7 9771 #> Flywch1 0 #> Tecrl 0 #> Scarf2 0 #> Butr1 0 #> Med9 599 #> Dzip1l 0 #> Acbd6 527 #> Tmem87b 2840 #> Itgam 0 #> Colq 37 #> Amn1 428 #> Schip1 0 #> Klra9 0 #> Eps15l1 3819 #> Sec31a 13441 #> 1700034O15Rik 0 #> Eif3f 593 #> Lce1i 0 #> Ipo11 458 #> Dnahc8 2487 #> P2rx6 114 #> Gm8883 0 #> Mrpl49 0 #> Slc39a9 444 #> Ankrd39 0 #> Pcdhga11 0 #> Gramd3 0 #> Hint2 0 #> Disp1 0 #> Rpl37a 493 #> Pparg 414 #> Pinc 0 #> Tns1 4 #> Ttc21b 393 #> Ttll5 2115 #> Irak4 1 #> Aamp 3252 #> Jarid2 18205 #> Pde1c 342 #> Mir26b 0 #> Trp63 2108 #> D4Bwg0951e 1822 #> Btnl2 0 #> Gtf2f2 2539 #> Upk1a 0 #> Ppp6r2 304 #> Hddc3 67 #> Drosha 4970 #> Rnf25 513 #> Map2k2 311 #> Ubd 0 #> Rnase6 0 #> Pln 0 #> Palm 0 #> Polr2k 183 #> Rab8a 915 #> Gpm6b 0 #> Gngt2 0 #> 1700034E13Rik 0 #> Eno1 12 #> Ddx52 1929 #> Mir375 0 #> Nrp2 3 #> Gpi1 245 #> Tmem179 19 #> Fancm 286 #> Pld4 0 #> Zfand2b 200 #> Myo18a 3901 #> Xcl1 0 #> Lhx5 77 #> Cyp2a5 9 #> Cyp26a1 0 #> Ctse 0 #> Cyp17a1 0 #> Cyp19a1 213 #> Cycs 443 #> Haus8 265 #> Msrb2 119 #> Pcolce2 661 #> Casc5 3065 #> Fgf16 0 #> Prss23 0 #> Slamf9 0 #> Nfkbiz 259 #> Akr1c6 0 #> Klrb1b 2 #> Lyrm1 6 #> Lhpp 468 #> Hist1h1a 2942 #> Dsg3 2 #> Tssk4 0 #> 1700027A23Rik 0 #> Il31 0 #> Abcc3 122 #> Il17c 166 #> Lin28a 3962 #> Slc35c1 3028 #> Nags 0 #> Ehmt2 133 #> Xylt2 0 #> Dnd1 72 #> Nlrp3 205 #> 6720489N17Rik 15 #> Il17re 0 #> Trp53bp2 257 #> Ranbp10 2645 #> Cd3eap 116 #> Arfgap1 24 #> 0610010K14Rik 896 #> Odf4 0 #> Dusp15 0 #> Lace1 0 #> Gdf10 0 #> Ctnna2 0 #> Rgs12 672 #> Rasgef1b 361 #> St8sia6 99 #> Il17d 0 #> Lctl 17 #> Oplah 0 #> Fnbp1l 12505 #> Gtpbp10 401 #> Otos 0 #> Fev 0 #> Cd109 0 #> Zfp735 2466 #> Tex28 0 #> Trmt112 1723 #> Fkbp2 85 #> Fam122b 801 #> Fgf8 142 #> Gstt1 119 #> Gstm6 166 #> Gsta2 90 #> Hes3 0 #> Hes2 0 #> Hes1 3 #> Hells 3719 #> Fcrla 0 #> Adhfe1 20 #> 4930519G04Rik 60 #> Ubl4b 0 #> Gcat 122 #> Poteg 0 #> Xbp1 0 #> Nr1h3 0 #> Trpc6 4 #> Epb4.1 9008 #> Akap6 1 #> Gm7609 46 #> Agbl5 527 #> Wbscr22 52 #> Bcl2l14 0 #> Duoxa2 0 #> Rbm22 5860 #> Prkrip1 2492 #> Ube2w 5351 #> 4933407L21Rik 0 #> Spata3 0 #> Aatk 0 #> Postn 1489 #> Etv2 0 #> Etv1 19 #> Ank3 228 #> Krtap12-1 0 #> Pus1 0 #> Snora75 1 #> Snord82 0 #> C130036L24Rik 0 #> C5ar1 0 #> C4bp 0 #> Siglec5 155 #> Nin 9094 #> Mta2 226 #> Nemf 3786 #> Ecel1 0 #> Slc38a10 29 #> Tpbg 0 #> B230120H23Rik 301 #> Hmga1 4 #> Il21 0 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